Los niños de San Judas es una historia muy sombría basada en hechos reales. Aidan Quinn interpreta a William Franklin, quien a su regreso de la guerra civil española empieza a trabajar como profesor en 1939. Pronto es testigo de la crueldad de los sacerdotes y los abusos sistemáticos a los chicos. Franklin trata de conseguir una cálida relación con los alumnos que se base sobretodo confianza. Cuando, el día de Navidad, el Hermano John, el sádico prefecto de la congregación, golpea gratuitamente a dos jóvenes hermanos, que han roto una regla del colegio y Franklin sin pensarlo detiene la agresión del Hermano John. Un hecho con el que se abrirá la lucha de este profesor porque las cosas cambien.